Był mężem Błęckiej-Kolskiej. Jego siostra zmarła na korytarzu wytwórni filmowej
Jan Jakub Kolski, znany reżyser filmowy, w swoim życiu przeżył kilka osobistych tragedii. W 1999 roku stracił siostrę, znaną montażystkę Ewę Pakulską. 15 lat później w wypadku zginęła jego 23-letnia córka, Zuzanna.
Reżyser "Jasminum", które niebawem będzie obchodziło 20-lecie premiery, znany jest z tego, że współpracuje z rodziną. W jego filmach mimo rozwodu dalej występuje Grażyna Błęcka-Kolska, a operatorem filmowym w jego filmach "Zabić bobra" i "Wenecja" był jego siostrzeniec Piotr Pakulski, który razem ze swoim kuzynem, reżyserem Piotrem Kolskim, robi serial "Dzielnica strachu".
Wcześniej Jan Jakub Kolski współpracował ze swoją siostrą, Ewą Pakulską, która zmarła 23 kwietnia 1999 roku w wieku zaledwie 45 lat.
Montażem zajmowała się także moja nieżyjąca już siostra Ewa Pakulska, która zrobiła ze mną sześć czy siedem tytułów. Zmarła na korytarzu Wytwórni Filmów Fabularnych we Wrocławiu… Jej syn, Michał Pakulski, dostał kilka nagród za zdjęcia do "Zabić bobra", a "Serce, serduszko" - powiedział reżyser w rozmowie z Onetem.
Siostra Kolskiego poszła w ślady swojego ojca, montażysty Romana Kolskiego, który pracował przy takich filmach jak "Och, Karol", "Kogel-mogel", "Wyjście awaryjne" czy "Wściekły" oraz serialach "Wojna domowa", "Stawka większa niż życie" i "Czterej pancerni i pies". Zmarł dwa lata po córce.
Ewa Pakulska pochowana jest na Cmentarzu Komunalnym Psie Pole we Wrocławiu. Jej największym osiągnięciem były nagrody za montaż filmu "Śmierć dziecioroba na Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni" w 1991 oraz pośmiertne wyróżnienie Polskiej Nagrody Filmowej - Orzeł w 1999 roku za montaż filmu "Historia kina w Popielawach".